自衛隊薬剤師の主な仕事は、自衛隊の医薬品管理や自衛官の衛生管理・健康管理です。基本的には陸海空の駐屯基地にある自衛隊病院や衛生科部隊での勤務となります。幹部候補生の期間を終えると、自衛隊幹部としての階級が与えられるため、自衛官を指揮する立場になります。つまり、様々な場面でも冷静で居られる力や判断力、リーダーシップが必要となります。国の平和を身近で感じながら、自分自身の実力を大いに発揮できるため、一般的な薬剤師とは異なった「やりがい」を感じることができます。